คณิต ณ นคร เกิดเมื่อวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2480 ที่จังหวัดนครศรีธรรมราช เป็นบุตรของนายนับ ณ นคร กับนางเปรียบ ณ นคร มีพี่น้องจำนวน 8 คน สมรสกับนางโสธร ณ นคร มีบุตรธิดารวม 3 คน ในวัยเด็ก คณิต ณ นคร เข้ารับการศึกษาที่โรงเรียนวัดม่วง อำเภอฉวาง จังหวัดนครศรีธรรมราช และเข้ารับการศึกษาชั้นมัธยมศึกษาจากโรงเรียนเบญจมราชูทิศ นครศรีธรรมราช จากนั้นจึงเข้ารับการศึกษาในระดับปริญญาตรี สาขานิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จนสำเร็จการศึกษาในปี พ.ศ. 2504 และสอบไล่ได้ความรู้ชั้นเนติบัณฑิตจากสำนักอบรมศึกษากฎหมายแห่งเนติบัณฑิตยสภา ในปี พ.ศ. 2505 ต่อมาในปี พ.ศ. 2520 ได้รับทุนรัฐบาลให้ไปศึกษาด้านกฎหมายที่มหาวิทยาลัยแห่งกรุงบอนน์ จนสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอก นิติศาสตรดุษฎีบัณฑิต ( Doctor of Laws : Dr.jur.) ที่ประเทศสหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมนี นอกจากนั้น ในวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2540 ยังได้รับปริญญานิติศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์อีกด้วย